Des bactéries géantes dans l’intestin humain ? L’ADN ne suffit pas à le prouver

La recherche a commencé par une question de répartition : ces bactéries, habituellement rencontrées dans l’intestin des poissons-chirurgiens, ont-elles d’autres hôtes ? Danny Ionescu, à l’université technique de Berlin, et ses collègues ont recherché leurs signatures génétiques dans plus de 600 000 microbiomes. La plupart des séquences étaient déjà accessibles dans des bases publiques ; les autres provenaient de prélèvements de l’équipe. Ce vaste repérage permet de chercher une parenté biologique bien au-delà des poissons, sans pour autant donner une image des organismes détectés.^[1]

Dans les échantillons humains concernés, le signal représentait généralement 1 à 2 % des séquences d’ADN identifiées, avec de rares valeurs atteignant 20 %. Le dénominateur compte : il s’agit d’une part des séquences, pas d’une proportion établie de bactéries géantes dans l’intestin. Même un signal abondant ne résout pas la question de l’identité de son porteur. Une autre bactérie, qui n’aurait pas nécessairement une grande taille, pourrait posséder des gènes similaires.^[1]

La question sanitaire est encore distincte. Ces séquences étaient plus souvent repérées chez des personnes présentant certaines affections gastro-intestinales associées à une inflammation. Cela ne montre pas que les bactéries provoquent ces affections : Ionescu avance plutôt l’hypothèse qu’elles profitent d’un déséquilibre du microbiome. Pour décrypter les différentes études médicales, il faut donc séparer trois questions : quel organisme est présent, quelle taille a-t-il et quel rôle joue-t-il ? Une association avec la santé ne répond pas aux deux premières et ne tranche pas, à elle seule, la troisième. Cette difficulté existe aussi pour d’autres bactéries intestinales, comme CAG-170, dont le lien avec une meilleure santé pourrait être une cause ou une conséquence de cet état.^[1][2]

L’étape décisive pour la taille consiste maintenant à relier le signal génétique à une cellule visible. Ionescu mène des travaux avec des sondes fluorescentes conçues pour se fixer aux séquences identifiées, afin de retrouver les bactéries au microscope. L’enjeu n’est donc pas simplement de détecter davantage d’ADN, mais de voir quel organisme le porte. C’est cette observation directe qui permettra de départager la présence de véritables géantes de celle de bactéries aux gènes ressemblants.^[1]